Dopasowywanie sekwencji może być także stosowane dla sekwencji pochodzenia pozabiologicznego, na przykład danych finansowych lub sekwencji występujących w językach naturalnych.
Bardzo krótkie lub bardzo podobne sekwencje mogą być dopasowane ręcznie. Bardzo często jednak konieczne jest dopasowanie licznych, bardzo długich i zmiennych sekwencji, które nie mogą być dopasowane wyłącznie ludzkim wysiłkiem. Zamiast tego, wysiłek wkładany jest w opracowanie algorytmów umożliwiające wysokiej jakości dopasowania, ewentualnie wprowadzanie poprawek do uzyskanych w ten sposób rezultatów, (szczególnie w przypadku sekwencji nukleotydowych). Ogólnie rzecz biorąc, metody obliczeniowe do dopasowywania sekwencji mogą być dwojakiego rodzaju: dopasowanie globalne i dopasowanie lokalne. Obliczanie dopasowania globalnego jest formą optymalizacji globalnej, w której dopasowanie musi obejmować całą długość wszystkich analizowanych sekwencji. Przeciwnie, dopasowanie lokalne identyfikuje podobne rejony w obrębie długich sekwencji, które – rozpatrywane w całości – nie muszą wykazywać znacznego podobieństwa. Dopasowania lokalne są zazwyczaj preferowane, ale ich obliczenie może być trudniejsze z uwagi na dodatkowe wyzwanie określenia rejonów wykazujących podobieństwo.