José Manuel Barroso Komisję – władzę wykonawczą, niezależne kolegium przedstawicieli rządów państw członkowskich, z wyłącznym prawem inicjatywy ustawodawczej, przedstawiające Radzie Ministrów projekty aktów wspólnotowych, Radę Ministrów – składająca się z przedstawicieli rządów państw członkowskich (mająca de facto najwyższe kompetencje), Zgromadzenie – mające charakter parlamentarny i opiniodawczy, początkowo składający się z przedstawicieli parlamentów narodowych, Trybunał Sprawiedliwości. Dwie ostatnie instytucje były wspólne również dla Euratomu. W 1967 wraz z wejściem w życie traktatu fuzyjnego Rada i Komisja stały się wspólne dla trzech Wspólnot (EWWS, EWG i Euratom)
Późniejsze zmiany Podpisany 7 lutego 1992 Traktat z Maastricht ustanawiający Unię Europejską zakładał, że Wspólnoty europejskie są jednym z jej filarów, a także zmieniał nazwę Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej na Wspólnota Europejska.
Reformujący instytucje unijne Traktat lizboński z 2007 wprowadził istotne zmiany. Unia Europejska nabyła osobowość prawną i zastąpiła Wspólnotę Europejską, przejmując wszystkie jej kompetencje.