Prezydent Gujany 8 sierpnia 1999 prezydent Janet Jagan ogłosiła swoją rezygnację z urzędu ze względów zdrowotnych i zasugerowała Jagdeo jako swego następcę. Jednakże ponieważ zgodnie z przepisami konstytucji sukcesorem prezydenta jest premier, 9 sierpnia 1999 Bharrat Jagdeo zastąpił Samuela Hindsa na stanowisku premiera. 11 sierpnia 1999 po rezygnacji prezydent Jagan, już jako premier objął z mocy prawa urząd prezydenta Gujany. Tego samego dnia mianował Samuela Hindsa ponownie na stanowisko szefa rządu.
Pod adresem administracji Jagdeo, podobnie jak w przypadkach poprzednich ekip rządzących, wysuwane były zarzuty korupcji, nepotyzmu, niekompetencji i rządów bezprawia. W marcu 2001 Bharrat Jagdeo został wybrany na kolejną kadencję, co spowodowało zaostrzenie napięć rasowych w kraju. Reelekcja Jagdeo, przedstawiciela etnicznej większości pochodzenia indyjskiego, spowodowała niezadowolenie wśród ludności pochodzenia afrykańskiego.
Jagdeo został wybrany na drugą pełną pięcioletnią kadencję, w wyborach 28 sierpnia 2006, w których Postępowa Partia Ludowa uzyskała 54,6% głosów i 36 miejsc w 65-osobowym parlamencie.