W 1861 de Bary poślubił Antonie Einert, z którą miał czworo dzieci. W 1867 roku przeniósł się na Uniwersytet w Halle. Został tu współredaktorem czasopisma Botanische Zeitung, a później jedynym jego redaktorem. Czasopismo to wywarło wielki wpływ na rozwój botaniki. Po wojnie francusko-pruskiej (1870–1871), de Bary został mianowany profesorem botaniki na Uniwersytecie w Strasburgu. Założył tu uniwersytecki ogród botaniczny. Prowadził wiele badań w uniwersyteckim instytucie botanicznym, przyciągnął wielu studentów z Europy i Ameryki oraz wniósł duży wkład w rozwój botaniki.
De Bary poświęcił się badaniu grzybów chorobotwórczych. W tym czasie uważano, że powstają one samoistnie. De Bary wykazał, że nie są produktami zawartości komórek zaatakowanych roślin i nie powstały z wydzieliny chorych komórek. W owym czasie zaraza ziemniaka powodowała rozległe dewastacje upraw i ogromne straty gospodarcze. De Bary zbadał powodującego tę chorobę grzyba Phytophthora infestans i jego cykl życiowy. Pochodzenie chorób roślin nie było wówczas znane. De Bary stwierdził, że czynnikami chorobotwórczymi są grzyby.