Przez kilka następnych lat Hokkaido było podzielone na 4 prefektury. W latach 1869–1883 istniał tu Kaitakushi (Urząd ds. Rozwoju, zwany też Urzędem ds. Kolonizacji). Nasilił się wtedy napływ osadników z pobliskiej wyspy Honsiu. W ciągu kilkudziesięciu lat liczba ludności zwiększyła się od 120 tys. do miliona. Ajnom zabroniono kultywowania swoich tradycji i stali się oni obywatelami drugiej kategorii.
W badaniach nad kulturą i zwyczajami tego ludu wsławił się Bronisław Piłsudski, brat Józefa Piłsudskiego, który został zesłany na rosyjską wyspę Sachalin, na której również żyli Ajnowie. W 1998 r. uchwalono ustawę poddającą ochronie kulturę Ajnów.
W 1972 r. w Sapporo odbyła się olimpiada zimowa.
Geografia mały|lewo|Zdjęcie satelitarne wyspy thumb|Sōun-kyō, jeden z przełomów w Parku Narodowym Daisetsu-zan Wyspa Hokkaido, stanowiąca główny obszar prefektury o tej samej nazwie, położona jest na północnym krańcu Japonii, w pobliżu Rosji. Otoczona jest Morzem Japońskim, Morzem Ochockim i Oceanem Spokojnym. W centrum wyspy znajdują się liczne góry i wzgórza wulkaniczne. Na wybrzeżach dominują równiny. Główne miasta to Sapporo oraz Asahikawa w środkowej części regionu i Hakodate w południowej.