Przy kościele powstał cmentarz (pierwotnie przeznaczony dla zakonników, od 1643 publiczny).
Biskup poznański Andrzej Bniński wprowadził doń zakonników 4 grudnia 1454 r.Julian Bartoszewicz: Kościoły Warszawskie rzymskokatolickie opisane pod względem historycznym, Warszawa 1855 str. 79-111. Był to drugi, po krakowskim, klasztor bernardynów w Polsce. Prowincja polska zakonu powstała w 1467, a pierwszym prowincjałem był o. Maryjan z Jeziorka, zaś drugim bł. Władysław z Gielniowa. W 1507 spaliły się kościół i klasztor. Ówczesny gwardian Antoni z Biecza rozpoczął odbudowę, którą zakończył Jan z Komorowa, ale następny pożar (1515) spowodowany umyślnym podpaleniem, zniszczył prawie całe przedmieście, w tym kościół i klasztor.
Głównymi fundatorami nowego kościoła byli: księżna Anna RadziwiłłównaDariusz Kaczmarczyk, Kościół Św. Anny, Warszawa 1984, s. 36., Beata z Tęczyńskich Odrowążowa i Jan Lubrański biskup poznański. Z funduszy księżnej Anny powstała trzecia nawa po lewej stronie, natomiast z funduszy bp. Lubrańskiego - chór z nakryciem i sklepieniem. Odbudowę zakończono w 1533.