Jana Chrzciciela w Preszowie Na czele Kościoła stał metropolita Ján Babjak, wybierany przez synod duchownych Kościoła katolickiego obrządku bizantyjsko-słowackiego, a następnie zatwierdzany przez papieża.
Struktura Kościoła katolickiego bizantyjsko-słowackiego jest regulowana Kodeksem kanonów Kościołów wschodnich, promulgowanym przez papieża Jana Pawła II w 1990 r.
Kościół katolicki obrządku bizantyjsko-słowackiego terytorialnie podzielony jest obecnie w następujący sposób: metropolia preszowska – obejmująca obszar Republiki Słowacji. archieparchia preszowska – obejmująca obszar kraju preszowskiego eparchia koszycka – obejmująca obszar kraju koszyckiego eparchia bratysławska – obejmująca pozostały obszar Słowacji
Większość słowackich grekokatolików zamieszkuje wschodnią Słowację – kraj koszycki i kraj preszowski. Na zachód od Tatr istnieją tylko niewielkie, pojedyncze parochie powstałe wśród ludności napływowej.