Po 1995 dalej pozostawał jednym z bardziej wpływowych polityków w kraju. Początkowo należał do Partii Akcji Demokratycznej, której był także wiceprzewodniczącym. W 1997 opuścił jej szeregi i założył własne ugrupowanie, Partię dla Bośni i Hercegowiny (Stranka za Bosnu i Hercegovinu). W latach 1997–2000 był jednym z dwóch współpremierów kraju.
Silajdžić po raz pierwszy wziął udział w wyborach do prezydium Bośni i Hercegowiny 5 października 2002. W głosowaniu na kandydata boszniackiego, zajął drugie miejsce z wynikiem 34,8%, przegrywając z Sulejmanem Ticiciem (37,3%)BOSNA I HERCEGOVINA CENTRALNA IZBORNA KOMISIJA.. W kolejnych wyborach z 1 października 2006 zdobył już 62% głosów, z łatwością pokonując Tihicia (28%)OPĆI/OPŠTI IZBORI 2006 - POTVRĐENI REZULTATI, BOSNA I HERCEGOVINA CENTRALNA IZBORNA KOMISIJA.. 6 listopada 2006 oficjalnie objął stanowisko jednego z trojga członków Prezydium Bośni i Hercegowiny. Od 6 marca 2008 do 6 listopada 2008 był Przewodniczącym Prezydium Republiki Bośni i Hercegowiny. Urząd ten ponownie objął 6 marca 2010 na okres 8 miesięcy.