W maju na czele kilku chorągwi wziął udział w wojnie polsko-rosyjskiej, osłaniając operacje wojsk koronnych nad Berezyną.

W lecie 1659 jego oddział ruszył do walki przeciwko Szwedom w Kurlandii, gdzie szybko doszło do konfliktu pomiędzy nim a Michałem Pacem o przywództwo. W styczniu 1660 zbuntował dywizję sapieżyńską i uszedł z nią samowolnie z pola walki. W marcu w Drohiczynie, gdzie Kmicic ściągnął swoją dywizję na polecenie hetmana Pawła Sapiehy, na jego polecenie powstała konfederacja przeciwko królowi Janowi Kazimierzowi. Konfederacja ta obwołała Kmicica pułkownikiem generalnym skonfederowanego wojska, które zażądało wypłaty zaległego żołdu od króla i przywrócenia na stanowisko Pawła Sapiehy. W konsekwencji Kmicica obwołano infamisem i objęto konfiskatą jego dobra. Król Jan Kazimierz ugiął się jednak pod presją sytuacji militarnej i przywrócił go do czci i majątku, w związku z czym Kmicic 14 maja rozwiązał konfederację. Wziął udział w kampanii 1660 r. przeciwko Rosji, dowodząc strażą przednią.