– weszła ona następnie w skład wojska Księstwa Warszawskiego jako 2 Dywizja. Podczas wojny polsko-austriackiej 1809 r. Zajączek dowodził różnymi formacjami. W 1812 r. uczestniczył w wyprawie Napoleona na Moskwę dowodząc 16 Dywizją Piechoty, a po kontuzjowaniu księcia Józefa Poniatowskiego objął dowództwo V Korpusu (polskiego) Wielkiej Armii. Został trzykrotnie ranny w bitwie pod Smoleńskiem, walczył w bitwie pod Tarutinem, a w bitwie nad Berezyną stracił prawą nogę. Dostał się do niewoli rosyjskiej.
Nazwisko generała Józefa Zajączka zostało uwiecznione na Łuku Triumfalnym w Paryżu.
W 1807 Napoleon nadał Józefowi Zajączkowi rozległe dobra ziemskie w Kaliskiem, w których generał założył cztery folwarki. Trzy z nich noszą nazwy bitew, w których wziął udział (Fajum, Aleksandria, Racławice), czwarty to rodowe Zajączki. Dochód z klucza opatóweckiego w samym tylko 1807 wyniósł 81.081 złp.
W czasach Księstwa Warszawskiego został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Virtuti MilitariKrzysztof Filipow, Order Virtuti Militari 1792-1945, Warszawa 1990, s.