Hormony zatrzymujące proces linienia wytwarzane są w gruczołach zatokowych.
Układ oddechowy Niektóre drobne skorupiaki oddychają całą powierzchnią ciała, ale nawet u dużych gatunków wymianie gazowej służyć mogą cieńsze rejony oskórka, a w szczególność wyściółka wewnętrzna niektórych rejonów karapaksu. Podstawowym narządem oddechowym w tej grupie są jednak skrzela, używane nie tylko przez formy wodne, ale też lądowe, jeśli przebywają w środowiskach wilgotnych. Pierwotnie skrzela tworzą listkowate epipodity odnóży tułowiowych, ale u dziesięcionogów w trakcie rozwoju osobniczego mogą one ulegać rozgałęzianiu i przesunięciu poza odnóże: na błonę nasadową lub nawet na sam pleuryt. Ponadto w skrzela mogą być tworzone przez odnóża odwłokowe lub ich wyrostki. U licznych pancerzowców boczne części karapaksu zwane branchiostergitami formują komory skrzelowe, które mogą być hermetyczne u form lądowych. U całkowicie lądowych stonóg natomiast pseudotchawki otwarte przetchlinkami.
Układ wydalniczy Narządami wydalniczymi charakterystycznymi dla skorupiaków są zmodyfikowane metanefrydia w postaci gruczołów czułkowych (ujście u nasad czułków II pary) i gruczołów szczękowych (ujście u nasady szczęk). Duża część ubocznych produktów metabolizmu wydalana jest też przez skrzela.