Fauna Ssaki W puszczach Pojezierza Mazurskiego wyodrębniono dzikie mateczniki w celu zachowania pierwotnej fauny. W rezerwatach tych czynione są próby ratowania żubra (Puszcza Borecka), łosia i bobra. Ze zwierzyny łownej wymienić należy przede wszystkim jelenia, sarnę, dzika i zająca. Z mniejszych gryzoni żyją tu wiewiórka, smużka, nornica ruda, piżmak, mysz. Występuje też kilka gatunków ssaków owadożernych: jeż, kret, ryjówka. W rejonie tym występują także: wilk szary, ryś euroazjatycki, lis rudy, kuna leśna, borsuk europejski oraz nietoperze.
Ptaki Region ten nazywany bywa "ptasim rajem". Ptaki zamieszkujące lasy, jeziora, rzeki, bagna, torfowiska, łąki i pola tworzą bogatą, bo liczącą ponad 350 gatunków awifaunę. W lasach występują: głuszec, jarząbek, cietrzew, kruk, orzechówka, sójka, dzięcioł, orzeł przedni i wiele innych. Nad polami i łąkami krążą myszołowy oraz błotniaki. Nad rzekami i jeziorami występuje kania. Ponadto występują jastrząb, łabędź, krogulec, sokół, gęś, kaczka, perkoz, czapla, żuraw i kormoran.
Płazy i gady Liczba gatunków płazów i gadów jest w porównaniu z innymi grupami stosunkowo niewielka. Z płazów należy wymienić traszki, żaby, ropuchy i kumaki nizinne.