Inwestycję podjęto ponownie w roku 1934. Wiązało się to z programem aktywizacji gospodarczej Prus Wschodnich realizowanym przez Narodowych Socjalistów. W tym czasie koszt dokończenia budowy oszacowano na 19 500 000 marek z terminem realizacji do maja 1941 roku. Początkowo tempo prac było szybkie i do 1936 roku ukończono koryto kanału na odcinku Łyna – jez. Rydzówka oraz drugą śluzę (Drużba II). W znacznym stopniu zaawansowania była też budowa śluz Ozierki i Piaski.
Wybuch II wojny światowej i związany z tym odpływ siły roboczej spowodował drastyczne zmniejszenie tempa prac. W 1940 roku uczestniczące w budowie kanału oddziały Służby Pracy Rzeszy (RAD) zostały oddelegowane do innych robót. Prace przy budowie Kanału Mazurskiego wstrzymano ostatecznie w 1942 roku, a w roku 1944 większość mostów na kanale została wysadzona w celu powstrzymania radzieckiej ofensywy.
Po zakończeniu wojny nie podjęto już prac nad dokończeniem budowy. Stopień zaawansowania całości inwestycji szacuje się na 90%, przy czym koryto kanału zostało wykonane na całej jego długości, chociaż nie zdołano już podłączyć do niego wszystkich śluz.