Ostatnie lata życia spędził w Guarujá. Na początku września 2021 roku przeszedł operację usunięcia guza po prawej stronie okrężnicy. Zmarł 29 grudnia 2022 w szpitalu w São Paulo, gdzie przebywał od 29 listopada. Przez ostatnie lata życia toczył walkę z nowotworem jelita. Po jego śmierci władze Brazylii ogłosiły trzydniową żałobę narodową. Jego pamięć uczcili m.in. Erling Haaland, Achraf Hakimi, Robert Lewandowski, Gary Lineker, Kylian Mbappé, Lionel Messi, Neymar, Cristiano Ronaldo, Mohammed Salah oraz inni czołowi piłkarze i niektórzy światowi przywódcy.
2 stycznia 2023 na stadionie Estádio Urbano Caldeira, odbywało się czuwanie przy trumnie Pelégo, któremu cześć oddało około 230 tysięcy ludzi, wśród nich byli m.in. szefowie licznych federacji piłkarskich z całego świata, w tym prezydent Brazylii Luiz Inácio Lula da Silva oraz prezydent FIFA Gianni Infantino. Pelé został pochowany obok swojego ojca na dziewiątym piętrze, cmentarza Memorial Necrópole Ecumênica w mieście Santos.