król duński Waldemar II Zwycięski, odbywający wyprawę krzyżową przeciw pogańskim Estom, zdobył fiński zamek LyndaniseWedług legendy flaga Danii – Dannebrog, biały krzyż na czerwonym tle, jak na tarczy herbowej Tallinna – została zesłana z nieba przez Boga podczas tej bitwy, która miała miejsce 15 czerwca 1219., który kazał zburzyć i zbudować nową twierdzę. W językach fińskim i estońskim nazwa Tallinn tłumaczy się na „miasto duńskie” (taani linn) albo „miasto rolnicze” (talu linn). Inne – oprócz Kolyvana lub Kalevanlinna – historyczne warianty nazwy miasta to Rewal (Reval, Revalia, Rewel, Revel, Reveln) i Lindanisa (Lyndanise, Lindanäs); nazwa Tallinn obowiązuje od 1918.
W 1227 r. Duńczycy – po klęsce pod Bornhöved – utracili miasto na korzyść zakonu kawalerów mieczowych. Trzy lata później miasto – jako Rewel – ponownie uzyskało prawa miejskie. Duńczycy, którzy w 1236 ponownie zawładnęli miastem, potwierdzili lokację na prawie lubeckim w 1248. Rozpoczęli oni w 1265 budowę największych w tej części swoich ziem fortyfikacji, z murami liczącymi 2,5 km długości (jednymi z najdłuższych w średniowiecznej Europie), do 16 m wysokości, z 45 basztami. Po dwudziestu latach, w 1285 Rewel stał się członkiem Hanzy. W 1346 r.