Od wybuchu II wojny światowej był produkowany tylko w wersjach militarnych. Przystosowany został do pełnienia roli morskiego samolotu patrolowego dalekiego zasięgu. Fw 200C, który używany był do tego celu, powstał na bazie zamówionej przez Japonię w 1939 wersji tej maszyny przeznaczonej do dalekodystansowych morskich zadań rozpoznawczo-bombowych. W ciągu całej II wojny światowej wyprodukowano 276 egzemplarzy tej maszyny. Wadą samolotu były słabe osiągi (napęd stanowiły cztery silniki BMW Bramo Fafnir 323R-2 o mocy 1200 KM każdy, budowane na licencji silników Pratt & Whitney Hornet) oraz słaba konstrukcja kadłuba (samolot często ulegał awariom w trakcie lądowania). Załogę stanowiło 7 lub 8 osób. Samolot mógł przenosić 2100 kg bomb, planowano również wersję z udźwigiem bomb zwiększonym do 5400 kgZdjęcie z jedną ze stron specyfikacji wersji C-3.. Wersja Fw 200C-8 w powiększonych gondolach silników przenosiła pociski rakietowe Hs 293. Uzbrojeniem defensywnym Fw 200C były: działko kal. 20 mm, wkm kal. 13 lub 15 mm oraz do pięciu km kal. 7,92 mm. „Złote lata” Fw 200C to okres 1940–1941, kiedy to maszyny te zadały duże straty flocie alianckiej w czasie wojny na Atlantyku (zatopiły statki o łącznym tonażu 363 000 BRT).