Kabinę pilota przesunięto do tyłu, co zmniejszyło problem wysokiej temperatury oraz dało więcej miejsca z przodu samolotu na uzbrojenie, pogorszyła się jednak widoczność do przodu podczas lądowania. Wzmocniono podwozie, z uwagi na wzrost masy samolotu. Hydrauliczny system jego chowania zamieniono na elektryczny. Napęd stanowił silnik BMW 801 C-0. Prototyp oblatano wczesną wiosną 1940 roku.
Początkowo miał on takie same skrzydła jak V-1 i V-2, tzw. mniejsze, ale ponieważ jego masa była większa o 635 kg, spowodowało to spadek osiągów i pogorszenie właściwości lotnych. Postanowiono bez zmiany profilu, zwiększyć rozpiętość do 10,506 m i powierzchnię nośną 18,30 metra kwadratowego, przesuwając jednocześnie przednią krawędź skrzydła do przodu. Ponadto postanowiono zwiększyć rozpiętość usterzenia poziomego oraz powiększyć statecznik pionowy. Zmiany te planowano zastosować na nowym prototypie, ale kiedy w sierpniu 1940 roku na lotnisku V-5 zderzył się z pojazdem i został uszkodzony, przebudowano go już z tymi modyfikacjami. Poprawiło to znacznie właściwości lotne maszyny, a prędkość maksymalna spadła tylko o 10 km/h.