Powtarzające się bombardowania Bremy podczas II wojny światowej, doprowadziły do przeniesienia części produkcji na tereny wschodnich Niemiec (m.in. do Żar) i okupowanej Polski, gdzie wykorzystywano zagranicznych robotników przymusowych, a od 1944 roku także jeńców wojennych. W latach 60. XX wieku ITT Corporation wygrała 27 milionów dolarów odszkodowania za szkody wyrządzone na jej udziale w Focke-Wulfie przez alianckie bombardowania fabryk.
Fabryka w Marienburgu produkowała około połowy wszystkich Fw 190 dla Luftwaffe, jednak została zbombardowana przez amerykańską 8 Armię Powietrzną 9 października 1944 roku.
Od lat 1947–1955 wielu inżynierów z Focke-Wulf (w tym Kurt Tank) pracowało dla Instituto Aerotécnico w Córdobie. Od 1951 roku firma rozpoczęła produkcję szybowców i samolotów bezsilnikowych. W 1961 Focke-Wulf, Weserflug i Hamburger Flugzeugbau połączyły siły w Entwicklungsring Nord (ERNO), by kontynuować rozwój rakiet. Focke-Wulf formalnie połączył się z Weserflug w 1964 roku, tworząc Vereinigte Flugtechnische Werke (VFW), które po kilku dalszych fuzjach jest obecnie częścią European Aeronautic Defence and Space Company (EADS).