Był współzałożycielem i prezesem Krakowskiego Towarzystwa Lekarskiego oraz członkiem Towarzystwa Naukowego Krakowskiego; po przeobrażeniu się tej instytucji w Akademię Umiejętności został − wobec ograniczonej statutowo liczby członków zwyczajnych − członkiem nadzwyczajnym Akademii (podobnie jak pozostali członkowie Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, których nie wybrano w poczet członków zwyczajnych Akademii Umiejętności; wraz ze śmiercią Jakubowskiego wygasła kategoria członków nadzwyczajnych Akademii).
W latach 1875−1887 radny miasta Krakowa. 6 lutego 1908 zaliczony w poczet Honorowych Obywateli Krakowa.
W 1872 przy pomocy Marceliny Czartoryskiej założył w Krakowie Towarzystwo Opieki Szpitalnej dla Dzieci, w 1876 z pomocą wspomnianego towarzystwa założył Szpital św. Ludwika dla dzieci przy ulicy Strzeleckiej 2, dwa lata później w 1878 jego filię w Rabce pod nazwą Kolonia Lecznicza św. Józefa.
Jako jeden z pierwszych klinicystów w Europie wprowadził w 1894 i upowszechnił seroterapię w błonicy. Był zwolennikiem medycyny zapobiegawczej i leczenia balneologicznego u dzieci. Uważany za twórcę polskiej szkoły pediatrycznej. Współpracownik „Przeglądu Lekarskiego”, autor ponad 20 prac naukowych.