Prototyp jedenasty (V11) został oblatany przez Waltera Krögera w dn. 10 maja 1944 r. Na tym egzemplarzu po raz pierwszy testowano pilota automatycznego Patin PSD-11.
Prototyp dwunasty (V12) służył do testowania dodatkowych zbiorników paliwa, w trzynastym (V13) zamontowano silniki BMW 003 A-1. Prototyp czternasty (V14) służył do badania aparatury radiowej, prototypy piętnasty (V15) i szesnasty (V16) były napędzane silnikami BMW 003A-1 i przewidziane do zamontowania skośnych skrzydeł (do czego nie doszło). Prototypu dwudziestego siódmego (V27) użyto do testowania hamulców aerodynamicznych, prototypy dwudziesty szósty (V26) i trzydziesty (V30) miały zamontowany drewniany płat o profilu laminarnym.
Do grudnia 1944 r. opracowano cztery podstawowe warianty konfiguracji wyposażenia Arado Ar 234B-2, zależne od przeznaczenia, tzw.