Prace nad wersją bombową rozpoczęły się już po wyprodukowaniu czterech prototypów z podwoziem odrzucanym. Pierwszy prototyp samolotu bombowego oznaczony jako Ar 234 V5 został wyposażony w nowe przedprodukcyjne silniki Jumo 004B-0 o takim samym ciągu, jak seryjne Jumo 004A wynoszącym 8,2 kN, ale o 90 kilogramów lżejsze. Trzeci prototyp był wyposażony w fotel wyrzucany. Siódmy prototyp był identyczny jak piąty, a maszyny oznaczone jako Ar 234 V6 i Ar 234 V8 były projektami samolotów czterosilnikowych napędzanych jednostkami napędowymi BMW 003 o ciągu 7,85 kN. Chociaż silniki BMW 003 posiadały mniejszy ciąg niż Jumo 004B, to ich mniejsza masa powodowała, że stosunek ciągu do masy był lepszy niż przy zastosowaniu dwóch silników Jumo (dzięki nim w samolocie wersji Ar 234C osiągnięto prędkość 874 km/h).
Różnice między prototypami V6 i V8 polegały na tym, że silniki w pierwszej z maszyn umieszczone były na skrzydłach w odstępach, a w drugiej parami we wspólnej obudowie. Zamontowanie silników parami powodowało zmniejszenie oporów aerodynamicznych konstrukcji.