Równolegle podjęto prace nad drugim prototypem, mającym być wzorcem dla seryjnej wersji bombowca. W jego konstrukcji zdecydowano się na zwiększenie liczby silników do sześciu, zastosowano turboodrzutowe BMW 003, które zamontowano w zespołach po trzy. Skrzydło do Ju 287V2 wykonano w lipcu 1944 r. ale dalsze prace nad tą maszyną zostały oficjalnie wstrzymane z powodu uznania przez RLM budowy myśliwców za priorytetowe. Pomimo tego Junkers, licząc na zmianę decyzji, w ograniczonym stopniu kontynuował prace nad budową V2 i prace konstrukcyjne nad V3. W marcu 1945 r. ministerstwo lotnictwa zażądało od Junkersa przygotowania na grudzień linii produkcyjnej mogącej produkować miesięcznie 100 Ju 287. Do napędu wersji seryjnej przewidywano projektowane silniki Heinkla HeS 011 A. Samolot miał być wyposażony w uzbrojenie obronne składające się ze zdalnie sterowanego stanowiska w wieżyczce ogonowej wyposażonej w dwa działka MG 131 kalibru 30 milimetrów.
Wraz z nadejściem Armii Czerwonej prawie ukończony prototyp Ju 287V2 oraz znajdujący się na wstępnym etapie budowy V3 wpadły w ręce Sowietów. Ju 287V1 został przejęty przez Amerykanów. 23 maja 1947 r.