Całkowicie niemożliwe jest wykonanie rzekomego lotu do Nowego Jorku i z powrotem tym samolotem, który czasami cytowany jest w literaturze. W pełni sprawny Ju 390 musiałby mieć masę startową 72 ton.
Niektórzy autorzy informują o pracach prowadzonych jednocześnie z pracami nad prototypem Ju 390 V1 w zakładach w Bernburgu, podczas których zbudowano samolot Ju 390 V2, który oblatano we wrześniu 1944. Miał on stać się pierwowzorem wersji seryjnej samolotu patrolowego. Zastosowano w nim uzbrojenie obronne i radar morski FuG 200 Hohentwiel. Informacje te dementuje pilot-oblatywacz Junkersa Pancherz.
Planowane wersje Junkersa Ju 390 to: Ju 390 A: wersja transportowa Ju 390 B: samolot morskiego dalekiego rozpoznania Ju 390 C: bombowiec dalekiego zasięgu Ju 390 D: wersja cywilna, była planowana na czas po tzw. „ostatecznym zwycięstwie” Hitlera
Służba Do służby został oddany tylko jeden egzemplarz samolotu. Po przedstawieniu go Hitlerowi w Insterburgu trafił do Pragi, gdzie przeprowadzano wiele testów, między innymi tankowanie w powietrzu. 15 listopada 1944 został przeniesiony do Dessau, gdzie pozostał do końca wojny.