Prezydentura W 1989 został wybrany na prezydenta Argentyny. Przejął władzę w chwili, gdy Argentynę nękał kryzys gospodarczy i hiperinflacja. Jego reformy jak ścisłe powiązanie kursu peso do dolara amerykańskiego, prywatyzacja i olbrzymi napływ inwestycji zagranicznych sprawiły, że inflacja spadła a PKB wzrosło o 35% w przeciągu 4 lat. Jednak odbyło się kosztem wzrostu bezrobocia.
W 1994 znowelizowano konstytucję, umożliwiając prezydentowi kandydowanie na kolejną kadencję, ale ograniczono również jego uprawnienia. Urząd mera Buenos Aires stał się urzędem wybieralnym, szef banku centralnego mógł być usunięty tylko za zgodą Kongresu, a także wprowadzono urząd rzecznika praw obywatelskich.
Krytykowany za śledztwa w sprawie zamachu na ambasadę Izraela w Buenos Aires w 1992 i zamachu na żydowskie centrum kultury dwa lata później, które uznano za stronnicze. Podejrzewany o to, że zniechęcił śledczych do badania tzw. śladu irańskiego, który wskazywał na udział Iranu w obydwu zamachach.
Krytykowano go przede wszystkim za ułaskawienie Jorge Videli, Emilia Massery, Leopolda Galtierego i innych szefów junty wojskowej z lat 1976–1983.