Zmiany w konstrukcji zaskutkowały również zwiększeniem załogi do sześciu osób. Budowę He 177A-3 zakończono po zbudowaniu 335 egzemplarzy.
Kolejną wersją rozwojową stał się He 177A-5, w którym wprowadzono zmiany konstrukcyjne polegające na wzmocnieniu konstrukcji skrzydeł, demontażu klap Fowlera oraz zmianie konstrukcji goleni podwozia. Samolot został dostosowany do przenoszenia na zewnętrznych zaczepach torped LT50, bomb Ruhrstahl SD 1400 X lub Hs 293. W trakcie produkcji wzmacniano uzbrojenie obronne poprzez dodawanie zdalnie sterowanych wieżyczek. Usprawnienia w produkcji doprowadziły do potokowego produkowania samolotu, co skutkowało uzyskaniem wydajności rzędu 95. egzemplarzy na miesiąc. Łącznie powstało 565 samolotów wersji A-5. Wersja A-5 była uznawana za spełniającą oczekiwania niemieckiej armii i pozwalająca na prowadzenie działań ofensywnych. Jednakże wzmagająca się ofensywa lotnicza Aliantów sprawiła, że Luftwaffe uznało produkcję myśliwców za priorytet i zdecydowano o zakończeniu produkcji He 177.