Szybowiec Junkersa okazał się nieudany, przerwano więc całkowicie prace nad jego projektem, niszcząc dokumentację i konstrukcje znajdujące się w różnych fazach budowy. W tym czasie zakłady Messerschmitta oprócz prototypu budowały 11 szybowców serii informacyjnej i 62 egzemplarze seryjne. W związku z niedoborem samolotów Ju 90 zaczęto wykorzystywać do holowania zespół trzech samolotów Messerschmitt Bf 110 (tzw. Troika), później samoloty Ju 290, a nawet, dzięki połączeniu dwóch bombowców Heinkel He 111 i dodaniu do tego zestawu 5 silnika, skonstruowano 11 egzemplarzy samolotu holowniczego He 111Z (Zwilling – Bliźniak).
Wersje Produkowano dwie wersje seryjne: Me321A-1 (100 do końca lata 1941) oraz Me 321B-1, w której dodano drugiego pilota i zdublowano układ sterowniczy. W późniejszych egzemplarzach montowano również dwa karabiny maszynowe MG 15 w przedniej części kadłuba. Do końca 1941 zbudowano 86 szybowców drugiej serii, a z początkiem 1942 kolejne 144.