W 1351 został wybrany wielkim mistrzem zakonu krzyżackiego. Pełnienie urzędu zaczął od niefortunnej wyprawy na Żmudź zakończonej klęską, która zmusiła go do zawieszenia broni i pertraktacji z Wielkim Księstwem Litewskim. Von Kniprode rozpoczął wówczas działania dyplomatyczne. W 1358 roku zdołał zawrzeć krótkotrwały sojusz z książętami litewskimi, skierowany przeciwko Polsce. Załamał się on jednak w 1360 roku, gdy Olgierd wydał swoją córkę za wnuka Kazimierza III Wielkiego, Kaźka Słupskiego.
W 1360 roku Winrich von Kniprode rozpoczął kolejną wojnę z Litwą. Armia zakonu krzyżackiego dotarła do środkowego biegu Niemna, zniszczyła Kowno. Podeszła pod Grodno, Troki i Wilno. W czasie walk do niewoli krzyżackiej dostał się wielki książę litewski Kiejstut, który jako zakładnik był przetrzymywany w specjalnej celi na Zamku Wysokim w Malborku, zdołał jednak uciec z niewoli. Jednocześnie z prowadzeniem walk na Litwie von Kniprode rozpoczął konflikt z Danią. W 1367 zorganizował zjazd miast hanzeatyckich w Elblągu i w Kolonii, na którym zdołał zbudować silną koalicję przeciwko Waldemarowi IV.