Od XIII w. Chantowie znajdowali się pod luźnymi wpływami Republiki Nowogrodzkiej, jednak nie doszło do ich podporządkowania. W 1478 r. Republika Nowogrodu została podbita przez Moskwę.
W czasie walk z okolicznymi, zagrażającymi Chantom narodami (zwłaszcza Tatarom), niezależne dotąd plemiona zaczęły łączyć się w większe organizacje, nazywane w literaturze rosyjskiej, nieco na wyrost – księstwami. Na ich czele stali dziedziczni władcy, wywodzący się z arystokracji. W okresie tym nastąpiło też zróżnicowanie majątkowe społeczeństwa, które szczególnie wyraźnie nastąpiło wśród plemion zajmujących się hodowlą renów. Dawni władcy po aneksji ziem chantyjskich przez Rosję stali się podporą carskiej administracji.
W kolejnych latach większość ich ziem znalazła się pod panowaniem Chanatu Syberyjskiego, następnie zostały ponownie i na trwałe włączone w skład państwa rosyjskiego. Wkrótce po przyłączeniu chantyjskich ziem rozpoczęła się rosyjska kolonizacja tych terenów: w 1593 na miejscu starego chantyjskiego grodu Sugmut-Basz, inaczej zwanego Chałumo-Sugmut co w przekładzie oznacza "brzozowy gródek" założono pierwsze rosyjskie miasto Bieriozow, obecnie Bieriozowo, a w 1594 założono miasto Surgut. Rosjanie podporządkowawszy sobie Chantów narzucili im podatek (jassak) opłacany w formie dostaw skór zwierząt futerkowych, głównie soboli.