Do 15 czerwca 2012 redaktorem naczelnym Ekumenizm.pl był Tomasz Terlikowski, zaś od 20 czerwca 2012 funkcję redaktora naczelnego serwisu piastuje Dariusz Bruncz.
31 grudnia 2014 serwis Ekumenizm.pl otrzymał nowe logo i szatę graficzną.
Redakcja Zespół Redakcyjny Dariusz Bruncz – Redaktor Naczelny Dorota Walencik – Z-ca Redaktora Naczelnego Piotr Timus – redaktor Piotr Kubala – redaktor techniczny Adam Ciućka
1 stycznia 2008 z redakcji odeszło dwóch współzałożycieli i redaktorów serwisu: dr Kazimierz Bem i Piotr Kalinowski, a także redaktor Jacek Szymański.
3 października 2008 roku zmarł na zawał serca ks. Mirosław Kropidłowski – redaktor serwisu.
Kontrowersje 2 grudnia 2005 większość członków redakcji wystosowała list otwarty do zwierzchników swoich Kościołów, w którym prosili o wyraźne potępienie faszystowskich głosów przy okazji „Marszów Równości” pisząc (m.in.):
„Chcielibyśmy usłyszeć od naszych przywódców kościelnych jasny głos, że przytoczone wyżej okrzyki i agresywne zachowania kontrdemonstrantów nie mają nic wspólnego z chrześcijaństwem, ale są atakiem na podstawowe zasady naszej wiary.”
Choć żaden z liderów kościelnych nie odpowiedział ani nie ustosunkował się do tego listu, odbił on się szerokim (momentami krytycznym) echem wśród mediów i na chrześcijańskich forach dyskusyjnych.