Wręcz przeciwnie – król Zygmunt I Stary dawał posłuch słowom wojewody trockiego Jana Zabrzezińskiego, który traktował Glińskiego jako rywala. Wkrótce król odsuwa Glińskiego od wszelkich urzędów. W odpowiedzi Michał ze swoimi braćmi wszczyna bunt na kresach przeciwko Zygmuntowi Staremu. Niedługo zostaje zabity przez Glińskich wojewoda Janusz Zabrzeziński. Wybucha III wojna litewsko-rosyjska. Dalsze wydarzenia następują lawinowo. Król konfiskuje wszystkie dobra kniaziów Glińskich na kresach. W 1508 Michał i jego bracia Iwan i Wasyl, ze swoimi wojskami przechodzą na służbę wielkiego księcia moskiewskiego Wasyla III, który nagradza ich tytułem bojara, a Michałowi nadaje Borowsk i Jarosławiec i czyni go dowódcą wielkiego pułku. Michał jako zdolny dowódca oddaje wielkie usługi Moskwie (broni jej południowej granicy przed zagonami czambułów tatarskich, pomaga werbować żołnierzy i fachowców na Śląsku i w Czechach, a także pomaga w zdobyciu Smoleńska i Bobrujska). Jednak w 1514 r., gdy wojska moskiewskie ponoszą klęskę pod Orszą, Wasyl III oskarża Michała Lwowicza Glińskiego o zdradę i knowania z królem Polski Zygmuntem Starym. Michał zostaje wtrącony do lochu, gdzie przebywa 13 lat. W tym czasie przechodzi ponownie na prawosławie. W 1526 roku Wasyl III żeni się z bratanicą Michała – Heleną Wasiliewną Glińską.