Odznaczenia i wyróżnienia W uznaniu zasług Jakuba Chojnackiego na rzecz Towarzystwa Naukowego Płockiego, miasta i regionu, uhonorowany czterema klasami krzyży Orderu Odrodzenia Polski: Kawalerskim, Komandorskim i Komandorskim z Gwiazdą oraz postanowieniem prezydenta Lecha Wałęsy z 12 sierpnia 1992 „w uznaniu szczególnych zasług dla kultury narodowej oraz wybitnych osiągnięć naukowych” Krzyżem Wielkim Orderem Odrodzenia Polski. Udekorowany nim został 21 sierpnia tego samego roku w czasie uroczystego posiedzenia Towarzystwa Naukowego Płockiego poświęconego jego 70 rocznicy urodzin (m.in. reprodukcja postanowienia)..
Wpisany do Księgi Zasłużonych miasta Sierpca, miasta Płocka i woj. płockiego. Laureat Nagrody "Trybuny Ludu" za inicjatywy społeczne (1972)Nagrody "Trybuny Ludu", "Trybuna Ludu", nr 259, 16 września 1972, s. 1.. Honorowy członek Mazowieckiego Towarzystwa Kultury i Towarzystwa Naukowego Płockiego (1982). Trzykrotny laureat nagrody Wojewody Płockiego I stopnia, laureat nagrody im. Włodzimierza Pietrzaka. W grudniu 1986 uhonorowany indywidualną Nagrodą Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego stopnia pierwszego z tytułu osiągnięć naukowych.