Po dojściu Hitlera do władzy w 1933 r. z zarządu spółki musiało odejść trzech członków żydowskiego pochodzenia. DB uczestniczył także w niechlubnym procederze grabieży majątków żydowskich w III Rzeszy. W czasie wojny w jego struktury były włączane banki z okupowanych państw Europy Wschodniej. Bank pomagał także w działalności Gestapo, a także udzielił pożyczki na budowę obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu i pobliskich instalacji przedsiębiorstwa IG Farben. W grudniu 1999 r. DB wraz z innymi niemieckimi przedsiębiorstwami wpłacił na specjalny fundusz 5,2 mld $ dla osób, które były ofiarami Holocaustu i prześladowań III Rzeszy.
Po przegranej państw Osi w II wojnie światowej alianckie władze okupacyjne nakazały 1 kwietnia 1948 podzielenie Deutsche Bank na oddziały regionalne. Później 10 banków, które powstały w wyniku tego podziału, połączyło się w 3 główne banki: Norddeutsche Bank AG Süddeutsche Bank AG Rheinisch-Westfälische Bank AG
W 1957 doszło z kolei do fuzji tych trzech banków, a następnie do serii przejęć, takich jak m.in.