W 1959 roku w jaskini położonej w malezyjskim Tambun koło Ipoh odkryto kilkadziesiąt neolitycznych malowideł. Jedno z nich – zdaniem badaczy – przedstawia sylwetkę diugonia lub pangaza. Jest to najstarsze świadectwo znajomości człowieka z tymi zwierzętami.
Systematyka Diugoń przybrzeżny jest zaliczany do monotypowego rodzaju diugoń (Dugong) i jest jedynym żyjącym obecnie przedstawicielem rodziny diugoniowatych, klasyfikowanych w rzędzie brzegowców. Pierwotna nazwa nadana mu przez Müllera w 1776 roku sugerowała przynależność gatunku do Trichechidae, czyli manatowatych i brzmiała Trichechus dugon. W 1799 roku Bernard Lacépède uznał, że diugonie powinny być klasyfikowane oddzielnie. Nadał więc odrębną nazwę rodzajową Dugong i nazwał diugonie żyjące w Oceanie Indyjskim Dugong indicus, jednak to nazwa rodzajowa Halicore – wysunięta w 1811 roku przez Johanna Illigera – została zaakceptowana przez zoologów opisujących później poszczególne populacje diugoni przybrzeżnych. Richard Owen nazwał australijską populację Halicore australis.