W 1921 r. powrócił do Warszawy. Pracował jako organista, m.in. w kościele garnizonowym na Powązkach. Kontynuował studia organowe u Surzyńskiego, dodatkowo rozpoczął naukę kompozycji u Romana Statkowskiego, a po jego śmierci – studia u Karola Szymanowskiego. To właśnie Szymanowski w 1929 r. polecił Szabelskiego jako pedagoga do organizowanego katowickiego konserwatorium – dzisiejszej Akademii Muzycznej.
W Katowicach Szabelski stał się znany nie tylko jako wirtuoz gry na organach, którą wykładał w konserwatorium (do końca lat 40. koncertował też w katowickich kościołach i radiu), ale też ambitny kompozytor. Śląska publiczność ciepło przyjęła zarówno II Symfonię, jak i Suitę czy Etiudę.
thumb|left|200px|Bolesław Szabelski podczas pobytu w Jugosławii, 1965 r. Pracę kompozytorską i dydaktyczną przerwał wybuch wojny. Szabelski już 1 września 1939 r. opuścił Katowice. Jego nazwisko figurowało w tzw. Sonderfahndungsbuch Polen – sporządzonej przez Gestapo liście polskich intelektualistów, których planowano zgładzić. Ukrywał się w rodzinnym Sadownem. Wstąpił do AK. Pod pseudonimem „Chmiel” brał udział w akcjach bojowych, kolportował podziemne wydawnictwa, przerzucał konspiratorów. Mimo to nieustannie komponował.