Cień na bogatą karierę Museeuwa położyła afera dopingowa w 2003 roku z weterynarzem Jose Landuytem w roli głównej. „Lew z Flandrii” uznany został przez Belgijską Federację Kolarską za winnego korzystania „z usług” tego lekarza i w październiku (czyli już po zakończeniu kariery) zdyskwalifikowano go na cztery lata, z czego dwa w zawieszeniu – a to nie pozwoli mu w najbliższym czasie podjąć umówionej z szefostwem swej byłej grupy pracy w charakterze dyrektora sportowego Quick Step.
W styczniu 2007 roku w wywiadzie dla gazety „Le Soir” przyznał się do zażywania środków dopingujących pod koniec swojej kariery. 16 grudnia 2008 roku sąd ukarał go za to karą 10 miesięcy pozbawienia wolności (w zawieszeniu) oraz grzywną w wysokości 2500 euroJohan Museeuw receives suspended jail sentence and fine, cyclingnews.com, 16 grudnia 2008.
Obecnie zajmuje się prowadzeniem własnej firmy składającej rowery – Museeuw Bikes, z siedzibą w Lokeren.
Przynależność drużynowa ADR (1988–1989) Lotto (1990–1992) GB-MG (1993–1994) Mapei (1995–2000) Domo (2001–2002) Quick Step (2003–2004)