W czasie II wojny światowej jednostki chorwackie (zwane popularnie oddziałami ustaszów) walczyły przede wszystkim z partyzantką Josipa Broza Tity (NOVJ) oraz zdominowanymi przez Serbów czetnikami, a także uczestniczyły w eksterminacji innych narodowości zamieszkujących Chorwację (Serbów, Żydów, Cyganów), dopuszczając się przy tym zbrodni wojennych i zbrodni ludobójstwa, czego symbolem stał się obóz koncentracyjny Jasenovac. Nieliczne jednostki walczyły na froncie wschodnim, m.in. w bitwie pod Stalingradem.
Po zwycięstwie NOVJ około 200 000 chorwackich kolaborantów, wraz z rządem ustaszowskim i Niemcami opuściło Zagrzeb i udało się do Austrii, skąd zostali wydaleni przez brytyjską administrację wojskową. Na granicy wielu przedstawicieli kolaboracyjnych formacji zostało zabitych – ten kontrowersyjny rozdział historii Jugosławii był aż do lat 80. tematem tabu, co umożliwiło chorwackim nacjonalistom wykorzystanie tych wydarzeń do własnych celów i zawyżania liczby ofiar tzw. masakry w Bleiburgu (termin wymyślony przez powojenną propagandę emigracyjnych ustaszy).