7 lutego na dużej skoczni w Harrachovie sklasyfikowany został na najwyższym wówczas miejscu w karierze. Był piąty, przegrywając tylko z Janne Ahonenem, Lasse Ottesenem, Jakubem Sucháčkiem oraz Jani Soininenem. 4 marca w Kuopio zajął 14. miejsce. W konkursach na mamucie w Planicy, od 19 do 21 marca, Ville Kantee zajął 24., 17. i 37. miejsce. W sezonie 1998/1999 Ville Kantee zdobył razem 183 punkty Pucharu Świata, dzięki czemu uplasował się na 28. miejscu.
Turniej Nordycki – 11. miejsce Turniej Skandynawski w 1999 roku rozpoczął się od konkursu na skoczni w Lahti. Został on rozegrany 6 marca. Ville Kantee zajął 45. miejsce i było to jego najgorsze miejsce w całym Turnieju Nordyckim. Trzy dni później w kolejnym z konkursów, który odbył się na skoczni w Trondheim, reprezentant Finlandii został sklasyfikowany na jedenastej pozycji. 11 marca na skoczni w Falun był dziewiąty. W kończącym Turniej Nordycki konkursie, 14 marca w Oslo, Kantee zajął osiemnastą pozycję. Łącznie zdobył 715,2 punktu i został sklasyfikowany na jedenastej pozycji w końcowej klasyfikacji Turnieju Skandynawskiego.