Złota era Sytuacja klubu zmieniła się w latach 60., gdy w ataku Estudiantes pojawili się tacy gracze jak Eduardo Flores, Juan Ramón Verón czy Marcos Conigliario. Na początku tej dekady Miguel Ignomiriello trenował młodzieżową drużynę Estudiantes (zawodnicy poniżej 19 lat), którą zwano La Tercera que Mata (czyli młodociani zabójcy). Wielu piłkarzy pochodzących z tej szkółki przyczyniło się wkrótce do wielkich osiągnięć klubu. W roku 1965 klub zajął 6. miejsce, a w 1966 7. miejsce. Ale w 1967 Estudiantes został mistrzem Argentyny w turnieju Metropolitano, będąc pierwszym klubem spoza wielkiej piątki (Boca Juniors, River Plate, Racing, Independiente i San Lorenzo de Almagro), który zdobył zawodowe mistrzostwo Argentyny. W tym samym sezonie Argentyna miała dwóch mistrzów, gdyż po raz pierwszy w historii rozegrano mistrzostwa Argentyny Nacional. Tutaj Estudiantes również spisał się znakomicie i sięgnął po tytuł wicemistrza Argentyny, który jednocześnie dawał prawo reprezentowania kraju w Copa Libertadores (czego nie dawało nawet mistrzostwo w turnieju Metropolitano).