Osiągnięte dotąd międzynarodowe sukcesy umieściły Olimpię w panteonie największych sław i potęg południowoamerykańskiego futbolu. W 1991 Olimpia dotarła do finału Copa Libertadores trzeci raz z rzędu. W finale zmierzyła się z zespołem o powszechnie uznanej marce – CSD Colo-Colo. Porażka w Santiago 0:3 i remis 0:0 w Asunción pozbawiły Olimpię marzeń o trzecim triumfie. Przed końcem stulecia udało się jeszcze Olimpii 4-krotnie z rzędu (1997–2000) wygrać mistrzostwo Paragwaju.
Olimpia w nowym tysiącleciu thumb|230px|Club Olimpia podczas meczu w Copa Libertadores 2002 25 lipca 2002 Olimpia obchodziła stulecie swego istnienia – i w tym właśnie jubileuszowym roku Olmpia sprawiła sobie prezent w postaci zdobycia Copa Libertadores po raz trzeci. Zespół prowadzony przez byłego reprezentacyjnego bramkarza Argentyny, mistrza świata z 1986 Nery Pumpido przed końcowym sukcesem musiał przeskoczyć dwie poważne przeszkody w postaci klubów brazylijskich. W półfinale ciężkie boje z Gremio Porto Alegre i awans po rzutach karnych. W finale AD São Caetano i porażka w pierwszym meczu 0:1, i to na własnym boisku. Jednak w Brazylii Olimpia odrobiła straty wygrywając 2:1. I znowu paragwajsko-brazylijska rozgrywka w rzutach karnych, którą ponownie wygrała Olimpia.