2. Eneco Tour rozpoczął się 16 sierpnia 2006 w Den Helder, a zakończył 23 sierpnia w Ans. Trasa wyścigu przebiegała przez Holandię i Belgię i liczyła 1168 km. W wyścigu startowało 184 kolarzy z 23 drużyn. Wyścig ostatecznie wygrał Stefan Schumacher z Niemiec. Do mety nie dojechało 52 zawodników.

Klasyfikacja generalna nie była do końca przesądzona, na ostatnim sprincie wszystko się rozstrzygnęło. Dotychczasowy lider, George Hincapie wywrócił się na 50 metrów przed linią mety, zahaczając o rower drugiego w klasyfikacji Stefana Schumachera, który odbił w prawo chcąc uniknąć zderzenia z kibicem. Decyzją sędziów, zwycięzcą całego wyścigu uznano Schumachera, który wjechał na metę bez wypadku. Przed ostatnim etapem Schumacher miał 3 sekundy straty do Hincapiego.

Lista etapów EtapDataMiastaDługośćZwycięzcaProlog 16 sierpniaDen Helder – Den Helder6 kmStefan Schumacher1. 17 sierpniaWieringerwerf – Hoogeveen176 kmTom Boonen2. 18 sierpnia’s-Hertogenbosch – Sittard-Geleen194 kmManuel Quinziato3. 19 sierpniaBeek – Westmalle185 kmTom Boonen4. (JInC) 20 sierpniaLandgraaf – Landgraaf16 kmGeorge Hincapie5. 21 sierpniaHasselt – Balen181 kmTom Boonen6. 22 sierpniaBornem – Sint-Truiden211 kmDavid Kopp7.