W proteście przeciwko liberalnym reformom, religijni radykałowie zdobyli stolicę i wygnali rząd do Veracruz. Wojska Juareza, przy poparciu USA, rozbiły rebeliantów w 1861. Wygnani z Meksyku konserwatyści zaapelowali do Francji, Hiszpanii i papieża o pomoc w walce przeciwko liberałom.
Nowym władcą Meksyku został Maksymilian I (mianowany cesarzem) z rodu Habsburgów, nie dokonał on jednak zmiany antyklerykalnego prawa. W obliczu tej sytuacji Francuzi i Hiszpanie wycofali swoje poparcie militarne dla Maksymiliana, a sytuację wykorzystał Juarez, który rozbił siły wierne cesarzowi. Następcy Juareza podtrzymali świeckie prawo, lecz gdy w 1876 do władzy doszedł Porfirio Diaz, reformy zostały cofnięte. W XX w. młodzi radykałowie nawoływali do obalenia reżimu Diaza oraz do zniesienia władzy Kościoła i przyznania ziemi rolnikom. Walka społeczna przybrała w końcu wymiar rewolucji trwającej do 1917.