1393 Jadwiga królowa uposażyła klasztor stałym dochodem soli z żup bocheńskich, tudzież młynem po polskiej stronie. Władysław Jagiełło zatwierdził to nadanie we Lwowie 1425 r.”. Z czasem zakonnicy rozbudowywali obiekt i wznosili dalsze budowle: domki–pustelnie, szpital, aptekę, zajazd dla podróżnych i wieżę kościoła. Na początku XVI w. wsparcia klasztorowi udzielała również Jadwiga, wdowa po zmarłym w 1499 r. dziedzicznym żupanie spiskim, Stefanie Zápolyi. Przypuszcza się, że mogła ona ufundować cykl czterech (częściowo zachowanych) malowideł ściennych w kościele, przedstawiających sceny z Pasji.
Klasztor zamieszkany był początkowo (do 1567 r.) przez mnichów z zakonu kartuzów (posiadali również klasztor w Kláštorisku), a później (1711–1782) kamedułów.
W latach 1431–1433 klasztor był łupiony przez husytów. Zakon działał do roku 1782, kiedy został skasowany przez cesarza Józefa II. Dobra zakonu zostały rozdysponowane wśród kilkuset rodzin niemieckich kolonistów, którzy w tym czasie przybyli do pobliskiej Dolnej Lechnicy (), wówczas też upowszechniła się niemiecka nazwa Rotes Kloster (). Jadwiga Łuszczewska (Deotyma) zwiedzająca w 1860 klasztor zastała go zrujnowanym, ale kościół był zadbany.