Jakowlew prowadził nowe prace dwutorowo. Przede wszystkim podjął prace z własnej inicjatywy nad lekkim myśliwcem Jak-23 napędzanym nowym silnikiem RD-500, ale nie spełniającym wszystkich nowych wymogów, w sprawdzonym już we wcześniejszych konstrukcjach układzie redanowym. Jako zasadniczą konstrukcję dla spełnienia nowych wymogów przewidział natomiast Jak-25, również z silnikiem RD-500, lecz w typowym układzie dla myśliwców odrzutowych nowego pokolenia – z wlotem powietrza z przodu kadłuba, kabiną pilota tuż za nim i z silnikiem w tylnej części kadłuba. Układ taki wywodził się z wcześniejszego myśliwca Jakowlewa Jak-19. Nie zdecydował się jednak na zastosowanie skośnych skrzydeł, pozwalających na osiąganie większych prędkości, pokładając nadzieje w cieńszych skrzydłach o laminarnym profilu, które pozwalały na uzyskanie lepszej manewrowości i szybsze opracowanie samolotu.
Prace nad Jakiem-25 prowadzono od początku 1947. Prototyp ukończono 29 października 1947 i oblatano 31 października 1947 (pilot Siergiej Anochin)Walerij Bargatinow: Krylja Rossii, Eksmo: Moskwa 2005, , s.669-670 . Prowadzono następnie jego badania zakładowe, połączone z ulepszaniem konstrukcji. Samolot oceniono jako prosty w pilotażu. Równolegle zbudowano drugi prototyp Jak-25-2, który od 23 lipca 1948 do 9 września 1948 przechodził badania państwowe.