Uchwała Rady Ministrów z 3 listopada 1921 przekazywała ochronę granicy wschodniej pod kompetencje Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Ministrowi spraw wewnętrznych nakazano przejęcie od ministra skarbu batalionów nr 22 do 33 i przydzielono mu kolejne z Wojska nr 34 do 43. W ten sposób powstały Bataliony Celne Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Po reorganizacji ochrona granic państwa należała do trzech resortów: Ministerstwa Spraw Wojskowych na odcinku granicy polsko-litewskiej, Ministerstwa Skarbu na granicy polsko-niemieckiej, polsko-czechosłowackiej, części granicy polsko-rumuńskiej (do Zaleszczyk) oraz gdańskiej i na wybrzeżu, Ministerstwa Spraw Wewnętrznych na odcinku granicy polsko-łotewskiej, polsko-radzieckiej i części granicy polsko-rumuńskiej (do Zaleszczyk). Na południu, w rejonie Zaleszczyk, Bataliony Celne podległe Ministerstwu Spraw Wewnętrznych stykały się z Batalionami Celnymi Ministerstwa Skarbu, na północy zaś, w rejonie zejścia granic Polski, Łotwy i Litwy – z batalionami etapowymi 2 Armii, która ze względu na nieuregulowane stosunki graniczne Polski i Litwy, nadal stała w pełnej gotowości bojowej. W lutym 1922, decyzją Komendy Głównej Batalionów Celnych powołano do życia brygady celne będące pośrednimi ogniwami między batalionami granicznymi a Komendą Główną Batalionów Celnych.