Jako władca Księstwa Nyskiego, kazał wznieść klasztor w Nysie, a w 1729 roku nową rezydencję biskupią w Nysie. Za jego rządów zburzono podupadły kościół parafialny św. Mikołaja w Otmuchowie i wybudowano nowy, barokowy kościół.
Przypisuje mu się zatrzymanie fali procesów o czary, które w XVII wieku na terenie księstwa nyskiego pociągnęły za sobą śmierć ponad 250 kobiet i dziewczynek uznanych za czarownice i spalonych na stosie. Wprowadził też liczne reformy w celu poprawy położenia najuboższych warstw społeczeństwa. W 1684 został starostą generalnym Śląska. Z funkcji tej zrezygnował w 1719.
Pełnił funkcje arcykanclerza Rzeszy Niemieckiej.
Od 1694 sprawował funkcję wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego, po swoim bracie Ludwiku Antonim (1660–1694). Zainicjował reorganizację zakonu i walczył z bezprawnym wyniesieniem elektora brandenburskiego na króla Prus. Jako Wielki Mistrz, Franz Ludwik założył Cesarski Pułk Piechoty „Pfalz-Neuburg-Teutschmeister”. W 1710 r. kazał przebudować około 400-letni w w Weinheim na budowlę barokową, a w 1730 r. kazał przebudować Dom Zakonu Krzyżackiego w Moguncji na okazały pałac barokowy. Chociaż był głową zakonu, nigdy nie złożył ślubów zakonnych.