Działania nad Morzem Śródziemnym Mając opinię kiepskiego pilota, został skierowany na kurs do szkoły rozpoznania lotniczego. Okazało się, że rozpoznanie lotnicze, bez konieczności działania w zespole, odpowiada cechom charakteru Warburtona. Po ukończeniu szkoły, we wrześniu 1940 roku został przydzielony do 431. eskadry rozpoznawczej, stacjonującej na Malcie i wyposażonego w dwusilnikowe samoloty Martin Maryland. Początkowo latał jako nawigator, dopiero na skutek choroby jednego z pilotów przydzielono go do latania w charakterze pilota. Wkrótce odznaczył się wykonując trudne zadania bojowe nad terenami nieprzyjaciela i szlakami komunikacyjnymi w basenie Morza Śródziemnego.
10 listopada 1940 roku załoga Warburtona brała udział w rozpoznaniu floty włoskiej w Tarencie, przed planowanym nalotem na ten port. Trzykrotnie przeleciał on nad portem ostrzeliwany przez artylerię przeciwlotniczą tak nisko, że zahaczył o przewód antenowy jednego z okrętów. 10 stycznia 1941 roku eskadra została przeformowana w 69. Dywizjon rozpoznawczy i otrzymała jednomiejscowe rozpoznawcze wersje myśliwców Hawker Hurricane PR. Po odbyciu 155 misji rozpoznawczych, Warburton awansował na porucznika (Flying Officer), otrzymał też dwukrotnie krzyż Distinguished Flying Cross. Po odpoczynku od lotów bojowych w szkolnym 223.