Brał udział w operacji Ostra Brama, czyli wspólnym zdobyciu przez AK i Armię Czerwoną Wilna. Po aresztowaniu w lipcu 1944 przez Sowietów dowództwa wileńskiego AK, przedostał się wraz z grupą byłych żołnierzy 6 Brygady przez Niemen z zamiarem pójścia na pomoc walczącej Warszawie. Ponieważ jednak okazało się to niemożliwe, pozostał w rejonie Białegostoku. Był członkiem sekcji likwidacyjnej Zygmunta Błażejewicza „Zygmunt” działającej w Obwodzie AKO Bielsk Podlaski. Został mianowany dowódcą 5 drużyny 2 plutonu 1 kompanii, tzw. „szturmowej”.
W sierpniu 1944 przeszedł w białostockie, gdzie nawiązał kontakt z mjr. Zygmuntem Szendzielarzem ps. „Łupaszko”, który odbudowywał 5 Brygadę Wileńską do walki z komunistami. W obwodzie AK Bielsk Podlaski ponownie jego przełożonym został por. Zygmunt Błażejewicz „Zygmunt”. Pod jego komendą Lucjan Minkiewicz był odpowiedzialny za ochronę polskiej ludności przed terrorem oraz za likwidację funkcjonariuszy NKWD i UB. 5 kwietnia 1945 wyznaczony został zastępcą dowódcy 1 szwadronu odtwarzanej na Białostocczyźnie 5 Brygady Wileńskiej.