Z uwagi na to, że powyższe objawy mogą być również objawem poważnej choroby przewodu pokarmowego, dyspepsję dzieli się na: dyspepsję w przebiegu chorób organicznych choroba wrzodowa żołądka i dwunastnicy (15–25% przypadków występowania dyspepsji) refluks żołądkowo-przełykowy i refluks dwunastniczo-żołądkowy (5–15% przypadków) rak przełyku rak żołądka (oba nowotwory razem stanowią mniej niż 2% przypadków) dyspepsję czynnościową (czyli występującą pomimo braku istotnej przyczyny, 60% przypadków) nadwrażliwość trzewna infekcja Helicobacter pylori (uwaga: sama infekcja, bez wywoływania objawów zapalenia błony śluzowej żołądka) czynniki dietetyczne i leki dym tytoniowy czynniki psychosocjalne
Trudności diagnostyczne Jedyną pewną metodą pozwalającą na rozróżnienie powyższych schorzeń jest wykonanie gastroskopii. Jednak z uwagi na to, że dyspepsja jest częstą dolegliwością (dotyka do 25% populacji), przyjęto następujący sposób postępowania: próba leczenia bez diagnostyki (badanie dodatkowe wykonuje się dopiero w przypadku braku poprawy po leczeniu) wiek poniżej 45 lat i brak poniższych objawów alarmujących: przewlekłe wymioty spadek masy ciała dysfagia objawy krwawienia z przewodu pokarmowego niedokrwistość stwierdzona w badaniach pilna pełna diagnostyka wykluczająca dysfagię organiczną osoby po 45.