W lipcu 1313 w Fontainebleau się ślub Filipa i Joanny. Na mocy układu małżeńskiego Joanna otrzymała Courtenay, Chantecoq i Piffonds, które wcześniej należały do zmarłej macochy jej męża, tytularnej cesarzowej Konstantynopola Katarzyny I.
W 1315 jej mąż otrzymał tytuł hrabiego Maine, natomiast po śmierci Karola Walezjusza w 1325 odziedziczył hrabstwa Valois i Andegawenii. W 1328 po wstąpieniu na tron francuski przez Filipa VI została królową. Joanna była kobietą inteligentną i pewną siebie. Zdominowała swojego męża i została regentką, kiedy on wyruszył przeciw Anglikom podczas wojny stuletniej. Przez jednego z kronikarzy zostala nazwana la male royne boiteuse – kulawym królem. Pozostali kronikarze opisują Joannę jako kobietę bezlitosną dla swoich wrogów, ale też jako kobietę wykształconą i miłośniczkę książek: swojemu najstarszemu synowi wysyłała manuskrypty do przeczytania, Jeanowi de Vignay kazała przetłumaczyć na francuski m.in. Miroir historial Vincenta de Beavais i Jeu d'échecs moralisés Jacques’a de Cessolesa.
Jako królowa Francji prowadziła regularną korespondencję z papieżem Klemensem VI;