Konflikt (nazwany „walką Kościołów” – Kirchenkampf) z pronazistowskimi tendencjami stworzył Ruch Młodoreformacyjny (Jungreformatorische Bewegung), któremu przewodzili teolodzy luterańscy: biskupi Hans Lilje i Wilhelm Stählin oraz księża Martin Niemöller i Dietrich Bonhoeffer. Z tym ruchem współpracował teolog reformowany ksiądz Karl Barth, który przede wszystkim wspólnie z księdzem Bonhoefferem napisał i w dniu 30 maja 1934 roku opublikował tekst Deklaracji z Barmen. Odrzuca on podporządkowanie kościoła państwu, neguje łączenie chrześcijaństwa z innymi doktrynami i polityką oraz odmawia zaakceptowania Hitlera jako przywódcy narodu.
Powstanie Kościoła Wyznającego We wrześniu 1933 roku ksiądz Niemöller utworzył „Pogotowie pastorów” (Pfarrernotbund), które udzielało pomocy ofiarom nazistowskiego państwa. Podczas synodu w Wuppertal- w dniach 29–31 maja 1934 roku powołano Kościół Wyznający jako opozycję wobec prohitlerowskiego protestanckiego Kościoła Rzeszy. Deklaracja z Barmen stała się podstawą doktrynalną nowej organizacji pod kierownictwem księdza Niemöllera i powołanej rady.